Keberadaan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Diponegoro berawal dari terbitnya Surat Keputusan Rektor Universitas Diponegoro No.01/SK/PT.09/1985 tanggal 4 Januari 1985 tentang berdirinya Program Studi Kesehatan Masyarakat Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro (PSKM-FK UNDIP)
Dalam pengembangannya menjadi fakultas, PSKM FK-UNDIP mendapatkan bantuan dana dari proyek pengembangan FKM se-Indonesia yang merupakan proyek kerja sama antara Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dengan USAID.
Setelah semua persyaratan berdirinya sebuah fakultas dipenuhi, maka pada tanggal 21 November 1993 keluarlah surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0369/O/1993 tentang berdirinya Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) dan Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) Universitas Diponegoro. Sejak itu Program Studi Kesehatan Masyarakat Universitas Diponegoro secara resmi menjadi fakultas sendiri.
Pada awal pendiriannya, PSKM FK- UNDIP hanya menerima mahasiswa S1-2 tahun (Program Lintas Jalur) yang umumnya berasal dari instansi-instansi di lingkungan Departemen Kesehatan. Sejak tahun akademik 1986/1987 mulai menerima mahasisiwa lulusan SMA melalui jalur Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (SPMB) dan Program Seleksi Siswa Berpotensi (PSSB).
Pada tahun akademik 1997/1998, FKM UNDIP mulai menerima mahasiswa non reguler lulusan D-3, sedangkan non reguler dari SMA dibuka mulai tahun 2005. Pada tahun akademik1999/2000 juga telah diselenggarakan program pendidikan penjejangan D-3 ke S-2 melalui kerjasama dengan Health Project-V (HP-V) Departemen Kesehatan. Selanjutnya pada tahun akademik 2001/2002 juga dibuka kelas khusus Kerjasama antara FKM UNDIP dengan PEMDA Kabupaten.
Pada tahun akademik 1999/2000, dibuka program studi Strata 2 (S-2/Magister) Ilmu Kesehatan Masyarakat atau MIKM, tahun 2001 dibuka 2 program studi Magister yaitu Program studi Magister Promosi Kesehatan dan Magister Kesehatan Lingkungan dan pada tahun 2014 dibuka program studi Strata 3 (S3/Doktor) Kesehatan Masyarakat sehingga program studi yang ada di Fakultas Kesehatan Masyarakat menjadi :
1. Program S-3/Doktor Kesehatan Masyarakat.
2. Program S-2/Magister Kesehatan Masyarakat.
3. Program S-2/Magister Kesehatan Lingkungan.
4. Program S-2/Magister Promosi Kesehatan.
5. Program S-1/Sarjana Kesehatan Masyarakat.